空間轉(zhuǎn)錄組圖像拼接錯誤解決方法—BMChiper

相較于單細(xì)胞技術(shù)，基于原位捕獲的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以很好地解決空間信息問題，是研究細(xì)胞命運調(diào)控的有力工具。2020年空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)被《Nature Methods》評為年度技術(shù)方法，2022年再次被評為值得關(guān)注的7大年度技術(shù)之一，表明空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在諸多領(lǐng)域有巨大的應(yīng)用潛力和價值。

隨著百創(chuàng)智造亞細(xì)胞級空間轉(zhuǎn)錄組芯片BMKMANU S1000的發(fā)布，空間組學(xué)的分辨率由傳統(tǒng)的100μm提高到了亞細(xì)胞級別的4.8μm，組織切片上更多的生物學(xué)信息得以被挖掘。在不斷地測試過程中我們發(fā)現(xiàn)了圖像處理上的一大問題-空間轉(zhuǎn)錄組圖像拼接錯誤。

掃描顯微鏡產(chǎn)出的結(jié)果，是對片子各區(qū)域拍照后拼接而來的，部分型號的顯微鏡由于參數(shù)問題在拼接過程中可能會產(chǎn)生“拼接錯誤”。一般情況下，拼接錯誤的誤差在5~10μm左右。如果分析的分辨率較高時，存在“拼接錯誤”的圖像則會和實際位置產(chǎn)生錯位，進而影響到數(shù)據(jù)分析。

存在拼接錯誤的HE染色圖片

為了更好地解決“拼接錯誤”問題，并為BMKMANU S1000亞細(xì)胞級空間轉(zhuǎn)錄組芯片的用戶提供更好的數(shù)據(jù)體驗，百創(chuàng)智造現(xiàn)推出了針對“拼接錯誤”圖片的優(yōu)化軟件-BMChiper。該軟件可針對存在拼接錯誤的圖片實現(xiàn)智能調(diào)整，優(yōu)化圖像位置信息。

經(jīng)過BMChiper校正的HE染色圖片

各位有對BMChiper軟件感興趣的，可以前往百創(chuàng)官網(wǎng)下載最新版嘗試。