百邁客Nanopore產(chǎn)出新記錄！

（百邁客CEO鄭洪坤先生等與Oxford Nanopore 商業(yè)運(yùn)營(yíng)副總裁Richard等合影）

2019年1月23日，Oxford Nanopore Technology公司（以下簡(jiǎn)稱(chēng)ONT）技術(shù)團(tuán)隊(duì)再次來(lái)訪北京百邁客生物科技有限公司，并就ONT平臺(tái)發(fā)展，公司戰(zhàn)略等進(jìn)行深入的合作交流。此次來(lái)訪，ONT技術(shù)人員宣布：當(dāng)前用戶(hù)中，PromethION單Cell產(chǎn)出記錄由百邁客產(chǎn)生（162 Gb/Cell）！

Nanopore平臺(tái)是新興的實(shí)時(shí)單分子納米孔測(cè)序技術(shù)平臺(tái)：借助單個(gè)分子通過(guò)納米孔時(shí)引起孔兩側(cè)電位差來(lái)實(shí)現(xiàn)信號(hào)檢測(cè)，納米孔的直徑僅允許單個(gè)核苷酸聚合物通過(guò)，而ATCG四種堿基的帶電性質(zhì)不同，因此通過(guò)電信號(hào)差異特征即可檢測(cè)出通過(guò)納米孔的堿基類(lèi)型，從而實(shí)現(xiàn)測(cè)序。

慕然回首，距離百邁客開(kāi)啟Nanopore研發(fā)項(xiàng)目已經(jīng)近2年時(shí)間，各方面的技術(shù)與平臺(tái)服務(wù)已經(jīng)十分成熟當(dāng)前已經(jīng)有3臺(tái)ONT測(cè)序通量的PromethION在百邁客投產(chǎn)（了解詳情）。

關(guān)于平臺(tái)是否好用？技術(shù)是否成熟？項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富嗎？百邁客實(shí)力究竟如何？關(guān)心的物種有沒(méi)有參考指標(biāo)？想必大家非常感興趣，有非常多的信息需要了解！為了讓廣大用戶(hù)了解百邁客在ONT平臺(tái)上的實(shí)力，小編將不定期開(kāi)發(fā)ONT平臺(tái)的數(shù)據(jù)產(chǎn)出情況。

2019年1月下機(jī)數(shù)據(jù)（部分）

注：Species：分析的物種信息；SeqNum：各個(gè)長(zhǎng)度范圍內(nèi)序列的數(shù)目；SumBase：指各個(gè)長(zhǎng)度范圍內(nèi)序列的總長(zhǎng)度；N50Len：reads N50長(zhǎng)度；N90Len：readsN90長(zhǎng)度；MeanLen：平均reads長(zhǎng)度；MaxLen：最長(zhǎng)reads長(zhǎng)度；MeanQual：質(zhì)量值，準(zhǔn)確度=1-10^(-Q/10)。

數(shù)據(jù)顯示，目前reads N50幾乎均在25 Kb以上，平均Reads N50達(dá)到了35 Kb?以上！最長(zhǎng)reads N50高達(dá)52.8 Kb，最長(zhǎng)Reads更是高達(dá)1.6 Mb,質(zhì)量值也幾乎都維持在8以上（堿基準(zhǔn)確率~85 %）。PS: 這里的堿基準(zhǔn)確率是指未經(jīng)過(guò)糾錯(cuò)與polish的數(shù)據(jù)。當(dāng)組裝后經(jīng)過(guò)糾錯(cuò)與polish之后，堿基的準(zhǔn)確度均在99.99%以上。之前小編已經(jīng)給大家科普過(guò)！

如果大家了解三代主流的組裝方法的話，相信大家一定知道，數(shù)據(jù)越長(zhǎng)，對(duì)組裝的幫助越大。小編截獲的數(shù)據(jù)相應(yīng)的組裝情報(bào)如下

2019年1月組裝數(shù)據(jù)（部分）

注：Species：分析的物種信息；CtgNum：contig數(shù)目；CtgLen：contig總長(zhǎng)度；CtgN50：contigN50長(zhǎng)度；CtgN90：contigN90長(zhǎng)度；CtgMax：最長(zhǎng)contig長(zhǎng)度。

ContigN50是衡量基因組組裝好壞的一個(gè)重要指標(biāo)，一定程度上來(lái)說(shuō)，contigN50值越高表示組裝的質(zhì)量越好。組裝數(shù)據(jù)表中，ONT的組裝數(shù)據(jù)中contigN50水平均在1 Mb以上（測(cè)序深度的高低會(huì)有一定的影響，為了更好組裝指標(biāo)，一般建議進(jìn)行100X以上），雜合度高的物種組裝結(jié)果同樣會(huì)略遜色于其它簡(jiǎn)單物種。相較之前最強(qiáng)水產(chǎn)組裝結(jié)果（N50>22 Mb），ONT作物組裝N50最高值再創(chuàng)新高，達(dá)到了27 Mb！（數(shù)據(jù)評(píng)估結(jié)果點(diǎn)擊查看）不管大家怎么看，反正小編被如此高的指標(biāo)深深的震撼了，希望技術(shù)團(tuán)隊(duì)再接再厲，創(chuàng)造新的記錄！

好啦，今天的介紹到此為止，欲知后事如何，且聽(tīng)小編下回分曉！

 

如果您對(duì)nanopore測(cè)序服務(wù)感興趣，歡迎點(diǎn)擊下方按鈕體驗(yàn)！

 

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北京百邁客生物科技有限公司是中國(guó)大陸一家全部通過(guò) PromthION/GridION平臺(tái)及DNA/RNA樣本官方認(rèn)證的公司。

截至目前為止，百邁客ONT平臺(tái)已經(jīng)建立超過(guò)上百種物種類(lèi)型的文庫(kù)，擁有大量的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)！無(wú)論是技術(shù)還是項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)上，我們都實(shí)力過(guò)硬！如今越來(lái)越多可喜的結(jié)果已經(jīng)交付到各位老師的手中~

2018年，百邁客合作文章影響因子累計(jì)超過(guò)500+！Nature Genetics、Nature Communications、Molecular Plant、Gigascience…合作項(xiàng)目文章源源不斷！