領(lǐng)跑開學(xué)季-Nanopore全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組

應(yīng)用案例

案例一

Complete genomic and transcriptional landscape analysis using third-generation sequencing: a case study of Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-7D. (Nucleic Acids Research, 2018.01, IF=11.561)

1、對(duì)釀酒酵母進(jìn)行全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序；

2、葡萄糖生長(zhǎng)條件下的酵母共計(jì)獲得~509 MB（59X）數(shù)據(jù)量，包含約530,000高質(zhì)量reads，其中N50為1150bp；酒精條件下的酵母共計(jì)獲得~623 MB（72X）數(shù)據(jù)，約623000 高質(zhì)量reads，其中N50為1263 bp；

3、該技術(shù)的比對(duì)率為88%，錯(cuò)誤率為12%，其中超過(guò)70%的轉(zhuǎn)錄本為全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，鑒定長(zhǎng)度最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本超過(guò)5kb，并對(duì)轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行定量分析。

 

案例二：

Nanopore long-read RNAseq reveals widespread transcriptional variation among the surface receptors of individual B cells. (Nature Communications, 2017, IF=12.353)

1、鑒定到4234 TSSs 和3883 TESs，其中Genecode數(shù)據(jù)庫(kù)已知2476 TSSs 和2448 TESs ;

2、并發(fā)現(xiàn) 296 內(nèi)含子保留, 134 個(gè)5’剪切 和173 個(gè)3’剪切；

3、結(jié)果表明，通過(guò)Nanopore測(cè)序不僅可以識(shí)別復(fù)雜的isoforms，而且還能定量其表達(dá)水平。

 

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