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 分類: 微生物組測序

2022年9月,百邁客合作客戶成都中醫(yī)藥大學丁維俊教授團隊在《Lipids in Health and Disease》發(fā)表題為“Potential novel biomarkers in small intestine for obesity/obesity resistance revealed by multi-omics analysis”的研究論文后,又一篇研究成果“Electroacupuncture promoted intestinal defensins and rescued the dysbiotic cecal microbiota of high-fat diet-induced obese mice”發(fā)表在《Life Sciences》(IF:6.78),首次報道了在電針治療肥胖癥期間α防御素在腸道菌群與疾病之間關系中的關鍵作用。百邁客為該研究提供了ONT全長轉錄組和全長微生物多樣性測序分析服務。

研究背景

肥胖作為一種不斷增長的非傳染性流行病,影響了超過20億人。腸道微生物菌群失調(diào)已被證明是肥胖和肥胖相關疾病發(fā)生和進展的關鍵因素,包括高血壓、II型糖尿病、血脂異常和非酒精性脂肪性肝?。∟AFLD)。針灸已被廣泛用于治療肥胖癥,研究報道,電針(EA)可以減輕肥胖小鼠的體重,挽救生態(tài)失調(diào)的腸道微生物群,還可以調(diào)節(jié)免疫力。然而,EAEA重塑腸道微生物群的潛在機制尚不清楚,如何通過腸道微生物菌群調(diào)節(jié)腸道先天免疫力對抗肥胖仍有待闡明。

材料方法

高脂飲食喂養(yǎng)小鼠,構建肥胖小鼠模型,正常飲食小鼠作為對照組,并設置EA干預組,根據(jù)干預時間分別設置四個時間點:EA03、EA07、EA14和EA21。

取小鼠十二指腸、空腸、回腸、盲腸內(nèi)容物,進行全長16S測序;取小鼠肝組織、附睪脂肪組織和去除內(nèi)容物的空腸組織,進行ONT全長轉錄組測序。

研究技術路線

研究結論

1.電針(EA)有效降低了持續(xù)喂食高脂肪飲食的肥胖小鼠的體重和脂肪堆積;

2.全長16S測序表明肥胖小鼠盲腸中的菌群失調(diào),電針治療后,肥胖小鼠盲腸菌群組成和功能顯著恢復;

3.EA干預21天后,健康對照組的防御素α5(Defa5)表達恢復,而肥胖小鼠空腸中包括fabp1在內(nèi)的脂肪消化吸收基因表達顯著降低;

4. Defa5水平與毛螺菌科呈正相關,與肥胖指標呈負相關,EA還可以減少組織炎癥,改善葡萄糖耐量異常,并抑制腸道脂質(zhì)吸收的關鍵基因。

主要研究結果

1、肥胖導致微生物群失調(diào),尤其是在盲腸中

α多樣性分析結果顯示,高脂飲食HFD組與正常對照組的十二指腸、空腸和回腸微生物多樣性沒有顯著差異,但在盲腸中HFD組微生物多樣性顯著減少(圖1F, 1G);β多樣性分析結果顯示,與其他腸道段相比,只有盲腸微生物菌群在HFD組與正常對照組表現(xiàn)出顯著差異(圖1H, 1I);此外,top 15的KEGG通路中有7個是基于微生物功能富集,高脂飲食組盲腸微生物的上調(diào)通路包括脂質(zhì)代謝、碳水化合物代謝和聚糖生物合成和代謝,下調(diào)通路包括能量代謝相關途徑(圖1L)。

圖1 高脂飲食誘導的肥胖小鼠腸道微生物菌群失調(diào)

2、EA調(diào)控空腸與先天免疫和脂質(zhì)代謝相關的途徑

相較于HFD組,EA組顯示出顯著地減肥效果(圖2A),并減少了附睪、腎臟和腹股溝區(qū)域的脂肪堆積。空腸是腸道脂質(zhì)消化和吸收的主要區(qū)域,HFD小鼠的空腸絨毛明顯長于食物組(圖2B, 2C)。HFD組和正常對照組間共鑒定出994個差異表達基因DEG(圖2D-F),HFD組和EA組共鑒定出849個DEG(圖2G);通過取兩個比較組共有的DEG,作為EA直接調(diào)控肥胖的DEG,共檢測到共有基因299個,其中上調(diào)的有165個,下調(diào)的有133個(圖2H-J)。

圖2 EA處理全長轉錄組差異表達分析

對共有DEG進行功能富集分析,發(fā)現(xiàn)顯著富集的通路主要與宿主先天防御和脂質(zhì)代謝相關(圖3A);在去除功能未鑒定的基因或lncRNA后,獲得140個上調(diào)和92個下調(diào)的DEG也進行功能富集分析(圖3B, 3C);然后,對top20通路的DEG進行PPI調(diào)控網(wǎng)絡分析(圖3 D, 3E),結果顯示,EA主要上調(diào)的通路包括α防御素基因在內(nèi)的NOD樣受體信號通路(圖3 D),下調(diào)的通路脂質(zhì)代謝(包括脂質(zhì)消化和吸收途徑),以及免疫應答相關通路(谷胱甘肽s-轉移酶和MHC II類相關基因)(圖3E)?;虮磉_直方圖顯示EA干預恢復大量異常表達的DEG,與腸粘膜免疫相關的DEG,如α防御素基因,可以通過EA顯著恢復(圖3F);與免疫反應相關的H2-Ob和H2-OA僅在空腸區(qū)域下調(diào)(圖3G, 3H);EA干預恢復了fabp1、pla2g2d和acat1的表達水平,主要負責脂肪消化和吸收(圖3I);最后,EA干預通過下調(diào)apoc1、apoa2和apoc2以及上調(diào)npc1來調(diào)節(jié)膽固醇代謝(圖3J-O)。

圖3 EA干預調(diào)節(jié)空場防御素和脂質(zhì)代謝相關基因表達

3、EA 恢復了空腸和盲腸中失調(diào)的微生物菌群

在EA干預21天后,HFD組中盲腸微生物組成被顯著恢復(圖4 A&B),α多樣性(圖4 C, 4D)和β多樣性恢復(圖4E-G);通過LEfSe分析鑒定了9種特征細菌(圖4H);跟蹤EA處理3、7、14和21 d相對豐度的時間序列變化,篩選到肥胖小鼠盲腸10個相關物種,其中8個上調(diào),包括G. Ruminiclostridium和 A. muciniphila;Tax4Fun預測了EA和HFD組間具有顯著差異的13種KEGG通路;并且,EA干預能有效地下調(diào)脂質(zhì)代謝途徑,上調(diào)能量代謝途徑(圖5)。

圖4 EA干預恢復了HFD喂養(yǎng)小鼠的腸道微生物群

圖5 HFD組和EA組功能基因組成的功能預測

4、EA促進防御素表達并抑制肥胖小鼠空腸脂質(zhì)吸收

EA促進了腸粘膜免疫中3個代表性基因Defa5、Defa20和Defa41的表達,其中Defa5顯著上調(diào)(圖6A);EA還恢復了這些防御素的蛋白質(zhì)水平,其中Defa5和Defa41顯著增加(圖6B)。斯皮爾曼相關系數(shù)分析結果顯示,Defa5和Defa34的蛋白質(zhì)水平與關鍵肥胖指數(shù)呈負相關,包括體重、體脂百分比以及甘油三酯TG、總膽固醇TC含量(圖6C);,EA下調(diào) Lachnospiraceae bacterium_10_1和 Bacteroides acidifaciens物種的相對豐度,與肥胖小鼠的關鍵肥胖指數(shù)呈正相關(圖6D);EA調(diào)節(jié)的腸道防御素表達與幾種腸道菌群相關(圖6E)。以上結果表明,腸道防御素的調(diào)節(jié)是EA拯救肥胖小鼠腸道微生物群的關鍵機制之一。

研究小結

一句話總結:EA通過促進腸道防御素、拯救失調(diào)的盲腸微生物菌群,以協(xié)同模式減少脂質(zhì)吸收來發(fā)揮抵抗肥胖作用。

參考文獻

Xia X, Xie Y, Gong Y, et al. Electroacupuncture promoted intestinal defensins and rescued the dysbiotic cecal microbiota of high-fat diet-induced obese mice. Life Sci. 2022;309:120961. doi:10.1016/j.lfs.2022.120961

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