无码人妻丰满熟妇精品区东京直播,99精品国产热久久91色欲

發(fā)布于 2022年9月30日

對于從事生物生信分析的人員來說，NCBI的重要性不必多說，而GEO（Gene Expression Omnibus database）是NCBI負責(zé)維護的一個數(shù)據(jù)庫，收集了大量表達譜、甲基化、LncRNA、miRNA、拷貝數(shù)變異（CNV）等各種芯片數(shù)據(jù)，并且還存儲了一些二代數(shù)據(jù)和其他高通量測序數(shù)據(jù)。相信【實用帖】手把手教你如何上傳GEO數(shù)據(jù)庫已經(jīng)為您解決數(shù)據(jù)上傳的問題，那么今天小編繼續(xù)帶您玩轉(zhuǎn)GEO數(shù)據(jù)下載，充分挖掘GEO數(shù)據(jù)庫的價值，讓GEO數(shù)據(jù)庫成為您的研究數(shù)據(jù)后花園。

GEO數(shù)據(jù)庫可以分為以下類型：a)?GEO Platform (GPL) 芯片平臺
b)?GEO Sample (GSM) 樣本ID號
c)?GEO Series (GSE) study的ID號
d)?GEO Dataset (GDS) 數(shù)據(jù)集的ID號這些數(shù)據(jù)均可以在ftp（ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/geo/）進行下載。

一般我們在文章中看到的都是GSE的ID，那我們?nèi)绾瓮ㄟ^GSE的ID進行數(shù)據(jù)的下載呢，下面就讓小編手把手教您如何進行GEO數(shù)據(jù)的下載。

咱們以下面篇文章為例：

我們在文末找到作者數(shù)據(jù)上傳地址和GSE的ID

然后在GEO官網(wǎng)輸入GSE115354，

首先我們可以看到是關(guān)于該study的描述信息，包括文章信息、測序物種、實驗類型等等

而我們最關(guān)心的東西在頁面的下方

如果我們想下載作者標準化后的數(shù)據(jù)，可以直接在這個頁面中Supplementary file中進行下載，那如果我想下載原始數(shù)據(jù)怎么辦呢，不要著急，您慢慢往下看。

我們點擊頁面中Sample對應(yīng)的GSM的ID，每個樣本都對一個GSM，我們以第一個為例，點擊后進入以下界面

然后點擊最下方SRA編號，進入下面的頁面這里面包含了這個樣本的基本信息，包括測序平臺、文庫類型、數(shù)據(jù)量等基本信息，然后點擊頁面右上方的Send to按鈕，選擇File，F(xiàn)ormat選擇RunInfo，然后點擊Creat file下載一個csv文件，打開文件，可以看到一個下載鏈接

點擊鏈接就可以直接下載數(shù)據(jù)了。

下載完成后您可能有些疑問，我們一般測序數(shù)據(jù)都輸pair-end的雙端reads，為什么我下載的是一個.sra結(jié)尾的數(shù)據(jù)呢？難道是一個單端數(shù)據(jù)嗎？這個當(dāng)然不是，SRA為了節(jié)省空間，一般上傳的數(shù)據(jù)都是.sra的壓縮文件，那我們?nèi)绾螌ra文件轉(zhuǎn)化成常用的雙端數(shù)據(jù)呢？這里就要用到SRA提供的一個工具：fastq-dump，

下載網(wǎng)址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

官方說明文檔：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=fastq-dump

當(dāng)然，這個軟件需要在Linux系統(tǒng)下進行操作，命令行如下：

fastq-dump?*.sra?--split-3

這里的–split-3會把原來雙端拆分成兩個文件,但是原來單端并不會保存成兩個文件。運行完成后就能獲得了您想要的原始數(shù)據(jù)了。如果您還想學(xué)習(xí)更多實用的高通量測序數(shù)據(jù)挖掘和分析的知識，歡迎點擊下方按鈕聯(lián)系我們。