ONT 測序（Oxford Nanopore Technologies，簡稱ONT）是新一代基于納米孔的單分子實時電信號測序技術(shù)。自從2017年3月開啟ONT平臺研發(fā)立項以來，百邁客不斷探索與前進，一路披荊斬棘，經(jīng)過近四年時間的沉淀與磨礪，現(xiàn)已成績斐然。
近日，ONT官方再次更新PromethION測序芯片，該芯片將有效提升單cell測序產(chǎn)量，為更快速獲得更多數(shù)據(jù)提供可能（詳情點擊：【NCM 2020大會快訊】99.1％單序列準(zhǔn)確度，PromethION測序10 Tb數(shù)據(jù)新記錄，更多詳細(xì)內(nèi)容請看NCM2020大會視頻：https://v.qq.com/x/page/q3210vougvi.html）。2020年12月25日，全新測序芯片成功抵達百邁客青島分公司，在快馬加鞭下現(xiàn)已成功完成搶鮮測試。接下來將由小編帶領(lǐng)大家看看ONT更新后的實際效果吧！
關(guān)于產(chǎn)量
三代測序儀以其超長讀長的優(yōu)勢，在基因組學(xué)中備受青睞。Nanopore平臺借助單個分子通過納米孔時引起孔兩側(cè)電位差來實現(xiàn)信號檢測，從而實現(xiàn)測序。因Nanopore測序讀長更長且通量高的特點，近幾年在基因組組裝應(yīng)用中嶄露頭角。
百邁客全新R9芯片單cell數(shù)據(jù)量由之前的97Gb提升至178 Gb，產(chǎn)量提升近2倍。R10芯片單cell數(shù)據(jù)量也達到了80 Gb。更長的讀長，更高的產(chǎn)量將使得高重復(fù)大基因組更易被解析。
表1 同一樣品不同芯片對比產(chǎn)出情況（Denovo 30Kb 文庫）
表2 不同樣品及試劑盒產(chǎn)出情況統(tǒng)計
關(guān)于質(zhì)量值
本次更新不僅是有了量的突破，同時也有了質(zhì)的飛躍，Oxford Nanopore近期發(fā)布了一款名為Bonito CRF的新算法，基于大數(shù)據(jù)進行準(zhǔn)確度訓(xùn)練，可有效提高對單條讀長序列識別（在DNA單分子上確定堿基序列過程）的準(zhǔn)確性。通過與最常用的basecalling軟件比對可以發(fā)現(xiàn)，Bonito可以有效提升序列識別的準(zhǔn)確性，使得高準(zhǔn)確性基因組組裝成為可能。
表3 新舊Basecalling軟件對同一數(shù)據(jù)識別準(zhǔn)確性比對
為了比較兩種新版本測序芯片準(zhǔn)確性情況，百邁客研究團隊對新版本R9與R10芯片進行basecalling，結(jié)果不難發(fā)現(xiàn)同一芯片下，Bonito比Guppy提升了~9%，而R10準(zhǔn)確性已突破90%。
表4 新R9.4.1及R10 basecalling結(jié)果比對
圖1 同一樣本R9.4.1 vs R10 原始產(chǎn)出質(zhì)量值對比
Bonito下R10準(zhǔn)確率數(shù)據(jù)統(tǒng)計，容小編在這里小小的賣個關(guān)子，下次揭曉謎底~ 可以預(yù)見的是，R10結(jié)合Bonito將在更廣泛的基因組范圍內(nèi)獲得一致的高精度結(jié)果！后續(xù)小編將會系統(tǒng)的展示高質(zhì)量下基因組的組裝結(jié)果及情況，后續(xù)更多數(shù)據(jù)及結(jié)果敬請期待！
百邁客作為ONT全球戰(zhàn)略合作伙伴，將繼續(xù)為所有的科研工作者提供更長更準(zhǔn)的測序及分析服務(wù)。
百邁客與ONT戰(zhàn)略合作簽約合影
（右下：百邁客CEO鄭洪坤先生；左下：牛津納米孔CEO Gordan Sanghera博士）
百邁客自2018年8月與牛津納米孔公司達成長期合作，擁有MinION、GridION X5和PromethION三種型號全套納米孔測序儀。更是中國大陸全部通過PromthION/GridION平臺及DNA/RNA產(chǎn)品官方認(rèn)證的公司。
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