2. 甲基化水平計算方法都有哪些？

答：甲基化水平計算方法共分四種：
1)單個位點(diǎn)甲基化水平：
單個位點(diǎn)的甲基化水平＝支持甲基化C的reads數(shù)/總的reads數(shù)
注： 對于參考基因組上的C位點(diǎn)，有些reads（reads上此位置處是C）支持此位點(diǎn)是甲基化的C位點(diǎn)，有些reads不支持(reads上此位置是T), 那么單個位點(diǎn)的甲基化水平就是支持甲基化的reads數(shù)/(支持甲基化的reads數(shù)＋不支持甲基化的reads數(shù))
計算得到單個位點(diǎn)的甲基化水平后，我們用二項(xiàng)分布檢驗(yàn)判斷某位點(diǎn)是否為甲基化C位點(diǎn)。
用從左開始第二個C計算單個位點(diǎn)甲基化水平。
對于某個區(qū)域的甲基化水平計算方法，不同的方法會得到不同的結(jié)果。
2)區(qū)域甲基化水平計算方法1-Fraction of methylated cytosines
即：甲基化C占區(qū)域內(nèi)所有覆蓋到的C位點(diǎn)的比例
對于圖片中的a:區(qū)域甲基化水平=10/12;b)甲基化水平＝11/12
3)區(qū)域甲基化水平計算方法2-Mean methylation level
即:所有C位點(diǎn)的平均甲基化水平，區(qū)域內(nèi)所有甲基化的C的單個位點(diǎn)甲基化水平之和/區(qū)域內(nèi)所有覆蓋到的C位點(diǎn)的個數(shù)
a)甲基化水平＝(2/2+3/3+20/21+4/30+4/25+3/17+3/20+6/7+4/6+5/5)/12
b)甲基化水平＝(1/5+1/3+3/12+40/41+29/31+30/32+77/87+45/47+4/12+1/7+2/10)/12
4)區(qū)域甲基化水平計算方法3-Weighted methylation level
即：加權(quán)甲基化水平，區(qū)域內(nèi)所有甲基化C位點(diǎn)總的reads數(shù)/區(qū)域內(nèi)總的覆蓋度
a)甲基化水平＝(2+3+20+4+4+3+3+6+4+5)/(2+3+21+30+25+17+20+7+6+5+18+25)
b)甲基化水平=(1+1+3+40+29+30+77+45+4+1+2)/(5+3+12+16+41+31+32+87+47+12+7+10